1、生物安全柜緩慢移動原則：為了避免影響正常的風路狀態，柜內操作時手應該盡量平緩移動。

2、生物安全柜物品平行擺放原則：為了避免物品和物品之間的交叉污染現象產生，在柜內擺放的物品應該盡量呈橫向一字擺開，避免回風過程中造成交叉污染。同時避免堵塞背部回風隔柵影響正常風路。

3、生物安全柜避免震動原則：柜內盡量避免震動儀器（例如離心機、旋渦振蕩器等）的使用，因為震動會使得積留在濾膜上的顆粒物質抖落，導致操作室內部潔凈度降低，同時如果在前操作面平衡失敗還會引起安全柜對操作者的污染。

4、生物安全柜不同樣品柜內移動原則：柜內兩種及以上物品需要移動時，一定遵循低污染性物品向高污染性物品移動原則。

5、生物安全柜明火使用原則：柜內盡量不要使用明火。因為在明火使用過程中產生的細小顆粒雜質將被帶入濾膜區域，這些高溫雜質會損傷濾膜。